如果将去垢剂完全去除，大多数膜蛋白会聚集并沉淀。因此，为了保持膜蛋白的功能，在去除一种去垢剂的同时通常会引入另一种去垢剂。在一些情况下,如在起始增溶阶段，样品中过量的去垢剂会干扰蛋白质的活性和浓度测量，这时需要去除过量的去垢剂。在另一些情况下，用于增溶的起始去垢剂也许不适于后续的层析或分析步骤，有必要置换为另一种去垢剂。例如，离子型去垢剂与离子交换层析和等电聚焦不兼容，需要将其置换为非离子或兼性去垢剂。如果膜蛋白需要重组合到磷脂囊泡中，需要改为具有高临界胶束浓度的去垢剂,从而可以通过透析方法除去去垢剂而使膜蛋白重组合到脂双层中。

去垢剂是否容易被透析去除与其性质具有很大关系。高临界胶束浓度(>1mmol/L)的去垢剂，如胆酸盐和辛基葡糖苷，透析或超滤就能轻易去除。低临界胶束浓度 (<1mmol/L) 的去垢剂，如非离子型去垢剂TritonX-100、C12E9、DDM，很难通过透析去除。此时，可以使用固体基质材料和凝胶过滤等方法去除去垢剂。