一旦使用了合适的去垢剂将膜蛋白从细胞膜中萃取出来，就可以分离目标蛋白质了。传统色谱层析技术，如凝胶过滤、亲和和离子交换等都可以用于膜蛋白纯化。然而，在去垢剂存在条件下使用色谱层析需要注意以下几点：

1.使用足量的去垢剂，以维持整合膜蛋白在缓冲液中处于可溶形式并防止蛋白质聚集。

2.由于大多数膜蛋白具有亲水性和疏水性，基于蛋白质疏水性的蛋白质分离方法，如苯基-琼脂糖凝胶和反相层析也许不适于膜蛋白的纯化。

3.离子型去垢剂，如胆酸盐或脱氧胆酸盐由于与离子，不适用于离子交换层析。非离子型或兼性去垢剂则可用于基于电荷的制备技术,包括离子交换层析和制备电泳。

4.含糖基的去垢剂也许会干扰特定的凝集素层析，如六元糖苷去垢剂会干扰ConA[结合右旋甘露糖]和麦胚凝集素的亲和层析。

5.由于溶解的膜蛋白处于去垢剂胶束中，在凝胶过滤中膜蛋白具有更大的表观分子质量。能形成大分子质量胶束的去垢剂，如TrtionX-100和DDM，会使溶解的膜蛋白的分子质量增加60〜100kDa。因此,大多数蛋白质会出现在高分子量组分。

6.膜蛋白与去垢剂胶束的结合，特别是具有大胶束尺寸或本身为离子型的去垢剂，会遮蔽膜蛋白的电荷。因此，离子交换层析分离膜蛋白的能力也许不如非膜蛋白。

7.整体而言，亲和层析是目前纯化整合膜蛋白最有效的方法,并且可以用于各个纯化阶段。由于离子交换层析对缓冲液的离子强度敏感，而凝胶过滤要求相对小体积的浓缩样本,因此亲和层析可以用于纯化、浓缩以及在不同纯化步骤中进行盐置换。